«Е-қызмет» интегрирована с информационными системами государственных органов.

Подсистема интегрирует работу смежных информационных систем, посредством обмена XML-сообщениями. Информационный обмен осуществляется посредством электронных документов в режиме «запрос-ответ», подписанных электронной цифровой подписью с использованием регистрационного свидетельства, выпущенного Национальным удостоверяющим центром.